La cronaca tramanda che è stata costruita per placare una lite tra borghi la Chiesa di San Sebastiano che, nella sua semplicità architettonica, esalta il bell’affresco cinquecentesco dei Fratelli Zuccari.

Sebbene più volte ritoccato, l’affresco cinquecentesco realizzato da Taddeo e Federico Zuccari è il vanto della Chiesa di San Sebastiano. Conserva i tipici canoni stilistici del tardo manierismo: in primo piano il martirio e sullo sfondo un delicato paesaggio naturale in cui spicca la fortezza di Castel Madama.
La storia della chiesa è legata alla lunga lotta della Gabella del Passo. L’episodio risale alla prima metà del Cinquecento quando Leone X, donò il feudo di Castel Madama al nipote Giulio de’ Medici concedendogli l’esonero dal dazio sulle merci che transitavano per Tivoli. I tiburtini non la presero bene e iniziarono le proteste; per anni il provvedimento fu ritirato e riemanato causando una serie di duri scontri. Persino l’intervento di sant’Ignazio di Loyola, che nel 1548 riuscì a far sottoscrivere un accordo tra le parti, servì a poco; finché, nel 1565, il vescovo di Tivoli decretò che i castellani avrebbero dovuto continuare a pagare la gabella ma, in compenso, i tiburtini gli avrebbero ceduto la collina di Monitola, a destra dell’Aniene.

Soddisfatti i tiburtini ma un po’ meno i castellani, per placare gli animi, fece costruire la Chiesa di San Sebastiano dotandola del privilegio di immunità.