La Villa (60 d.C. circa) è una costruzione davvero originale, non solo per la scelta del luogo, ma soprattutto perché rappresenta una fantastica fusione tra architettura, invenzione scenica, e paesaggio naturale; concetti ripresi dagli architetti neroniani anche nella Domus Aurea. Si estendeva su una superficie di oltre due chilometri e mezzo e abbracciava letteralmente il fiume che fu imbrigliato da tre dighe. Lungo i laghi artificiali così creati, ben descritti da Plinio e da Frontino, erano disposti i vari ambienti raccordati dal Pons Marmoreus citato anche nelle fonti medievali. Per raggiungere la Villa Nerone fece costruire una diramazione della Tiburtina, la Via Sublacense, riutilizzando, in parte, la strada di servizio degli acquedotti.
Nonostante lo splendore dei luoghi e le superbe architetture, l’imperatore abbandonò presto Subiaco; Tacito racconta che fu a causa di un cattivo presagio avuto mentre banchettava.
La Villa fu comunque abitata fino al III secolo. Una sua ristrutturazione si deve a Traiano che vi soggiornò mentre era in costruzione la sua fastosa residenza sugli Altipiani di Arcinazzo. L’imperatore prolungò l’Anio Novus fino ai Simbruina Stagna utilizzandone uno come vasca limaria per ottenere acque più pure.
Il nucleo oggi visibile, lungo la Via dei Monasteri, comprende una cisterna, una parte delle terme e un ninfeo che nel V secolo San Benedetto trasformò nell’abside del primo dei suoi tredici monasteri in Val d’Aniene dedicandolo a San Clemente. La maggior parte delle costruzioni si trovano sull’altra sponda del fiume e non sono ancora state oggetto di scavo.
A causa di terremoti, durante il Medioevo crollarono tutte le dighe e dei grandi specchi d’acqua non rimase che il favoloso salto naturale creato dalla cascata del Laghetto di San Benedetto.